El equipo fue llamado al momento de su fundación como Honda Motor Hamamatsu Soccer Club en 1971.

A comienzos de los años 90 se consideró que el club podría tener posibilidades de volverse un equipo ganador en lo profesional y participar en la J. League.

Por ello buscaron fusionarse con su club hermano Honda Motor de Sayama F.C.

Las 2 divisiones fueron fusionadas en 1994 y este se unión a la nueva liga.

La rivalidad entre Júbilo Iwata y Honda FC era un derby de los más apasionantes en la JSL.