Posteriormente, Amarilla fue adquirido por el Real Zaragoza, donde jugó cuatro temporadas, de 1979 a 1982.

Jugó un total de 56 partidos; ganó 28, perdió 10, empató 16 y marcó 15 goles con el club culé.

Posteriormente, de estar a un paso de dejar el fútbol,[7]​ Amarilla volvió al Olimpia en 1990, pasó a convertirse en la piedra angular del equipo franjeado que se consagró campeón de la Copa Libertadores 1990 y que también se hizo con la Supercopa Sudamericana ese mismo año.

[10]​ Más tarde, ya en la selección mayor, fue asistente técnico de Aníbal Ruiz antes y durante la Copa Mundial Alemania 2006.

No obstante, su nombre es todo un símbolo para el fútbol paraguayo y en especial para los fanáticos del club Olimpia.