Pletikosa, comenzó su carrera futbolística en un equipo de su ciudad natal, el Hajduk Split.

En 1996 firmó un contrato profesional, pero en sus dos primeras temporadas el entrenador solo le dio la oportunidad de disputar un partido.

Fue en la temporada 98-99 cuando se va haciendo un hueco en el once titular, ya que disputa 19 partidos.

Con este club gana los tres trofeos nacionales (Liga, Copa y Supercopa) antes de marcharse cedido durante una temporada al que fuera su primer equipo, el Hajduk Split.

Disputó los tres partidos que jugó su equipo en cada Mundial (Croacia no pasó la primera ronda ninguno de esos dos torneos).