En la temporada 1976/77, el equipo entrenado por Marcel Domingo, acaba en la posición 14.º manteniéndose en la Primera División no sin apuros.
Arsenio Iglesias o Lucien Müller son algunos de los entrenadores más importantes que tuvo el equipo en esta época.
La siguiente temporada 1982/83, ya en Segunda División B, el equipo queda 3.º del grupo I pero la situación económica es insostenible.
Lucas consiguió dos ascensos consecutivos y logró subir al equipo hasta la Tercera División.
La temporada 1997/98 en Segunda División B fue una dura temporada en la que se consiguió la salvación en las últimas jornadas gracias al regreso al banquillo de Félix Arnáiz Lucas que sustituyó a tiempo a un Blas Ziarreta enfrentado con la afición.
En la liguilla de ascenso, CD Mensajero, Real Murcia y Granada CF son los rivales.
Carlos Terrazas retorna al banquillo burgalés y se consigue hacer un equipo competitivo en pocos días.
Valentín Germán es elegido presidente en las urnas y ese año el equipo acaba en 3.ª posición.
En la temporada 2006/07, Gonzalo Arconada es el entrenador y se prepara un equipo con ilusiones de ascenso.
Félix Arnáiz Lucas comienza la temporada en el banquillo manteniendo al equipo en la zona media pero a la directiva no le convence y es sustituido por el entrenador del filial por aquel entonces, Alberto González, que no consigue mejorar los resultados y acaba presentando la dimisión.
Tras negociar con los jugadores impagados, el club consigue que retiren las denuncias y así poder competir en Tercera División.
Entrenado por Javier Álvarez de los Mozos, el equipo queda en tercera posición del grupo VIII.
Juan Manuel Barroso, avisado por el presidente para que haga una plantilla lo más barata posible, empieza a fichar jugadores sin consultar con el entrenador y vienen futbolistas mediocres que la temporada anterior habían descendido con sus equipos a la Tercera División.
Miguel Ángel Álvarez Tomé es fichado como entrenador en la jornada 9 con la esperanza de un imposible: salvar al equipo del descenso.
Los resultados mejoran sensiblemente, sobre todo al potenciar la faceta defensiva y evitando la sangría de goles que se estaba produciendo con el anterior entrenador.
Esta temporada se aborda la conversión del club en sociedad anónima deportiva, quedando inscrita como con el registro número 137.
Con 23 años y 364 días, Franco se convirtió en el presidente más joven del fútbol español.
En la temporada 20/21, ya con Michu como arquitecto de la plantilla, la apuesta por lograr el ansiado ascenso se redobló.
Tras una discreta segunda vuelta, el equipo vuelve a repetir posición y acaba la temporada undécimo.
El equipo cambia de entrenador y se decide apostar por un sistema más ofensivo que en las dos temporadas precedentes.
Como hecho relevante durante esta temporada, al término de la primera vuelta, los máximos accionistas del club (Grupo Yucón) venden sus acciones al nuevo propietario (Grupo 360) y cuya cabeza visible es el empresario argentino Marcelo Figoli.
Se trata de un escudo con forma circular, coronado y con el estandarte blanquinegro como elemento más representativo.
La corona, elemento puramente decorativo, imita la propia que luce el escudo de Castilla.
La base estética del escudo se ha mantenido desde entonces, aportando los diferentes diseñadores modificaciones de color, tamaño y/o proporciones.
Tiene una capacidad actual de 12.642 espectadores, todos ellos sentados; y se encuentra situado junto a la ribera del Río Arlanzón.
Posteriormente, en los años cuarenta se traslada a jugar al estadio de Zatorre, campo que compartió con el C.D.
En los partidos, los aficionados cantan cánticos como "Mi fiel amigo", "Vamos Burgos, ale", "El día que me muera", "Vamos matagigantes" o, el más conocido en las últimas temporadas, "Orgullo y Tradición", que suele cantarse también junto al equipo al finalizar los encuentros.
Esta posición le habría valido para permanecer en la categoría, pero el descenso del primer equipo desde la Segunda División B, hizo que el filial descendiese directamente a la Primera División Regional Aficionados de Castilla y León.
Para la temporada 2012/13, el club decide sacar un equipo filial en la categoría más baja, la Primera División Provincial Aficionados, con la idea de dar cabida a los jugadores que asciendan del equipo juvenil que compite en la Liga Nacional y con el objetivo del ascenso a la Primera División Regional Aficionados,[22] objetivo que se acaba consiguiendo tras quedar en primera posición.
El presidente del Burgos CF anuncia que la sección de fútbol sala debe autofinanciarse para poder competir.