[3]​ La Agrupación Deportiva San Juan en su sección de Fútbol se funda en 1961.

A partir de la temporada 2007/08 el San Juan mejora resultados; es 5º del Grupo XV en tres ocasiones y en 2012/13 se proclama campeón y con derecho a jugar la promoción de ascenso a Segunda División B no obstante pierde en la primera ronda ante el CD Puerta Bonita.

En 2013/14 después de mantener el liderato durante prácticamente toda la temporada, finalmente se le escapa el título por el gol-average en contra frente al CD Izarra.

La temporada 2014/15 es subcampeón del grupo XV de Tercera división por segundo año consecutivo.

La AD San Juan cuenta con las siguientes secciones deportivas: Ajedrez, Baloncesto, Fanfarre, Fútbol, Fútbol Sala, Gimnasia Deportiva, Karate, Musculación, Natación con Aletas, Patinaje, Pelota, Spinning, Squash, Taekwondo y Tenis.