En la temporada 2004-05 el equipo quedó entre los cuatro primeros, clasificándose para la fase de promoción.

En la temporada 2006-07 el Conquense quedó primero en el grupo castellano manchego con 92 puntos, seis por encima del Guadalajara.

El rival fue el Caudal Deportivo, equipo que había quedado 16.º en el grupo II de Segunda División B.

Conquense consiguió la permanencia un año más en la categoría de bronce del fútbol español.

En la temporada 2011-12 el Conquense finalizó nuevamente en 16.ª posición y disputó la promoción de permanencia.

[2]​ En la temporada 2012-13 el conquense realiza una gran temporada y jugó la fase de ascenso a Segunda División B, pasando las tres eliminatorias y volviendo a la categoría de bronce del fútbol español.

El equipo llegó a la final tras deshacerse sucesivamente de la Gimnástica Segoviana, el C. D. Fuensalida, el C. D. Oberena y el Portmany S. D..