Fundado en el año 2010, actualmente milita en el Grupo 4 de la Segunda Federación.

El club fue fundado en el año 2010 en San Pedro del Pinatar con el nombre de Fútbol Club Pinatar.

En la temporada 2017-18, pese a lograr holgadamente la permanencia en Tercera División de España quedando en sexta posición, el club no puede hacer frente a sus problemas económicos y renuncia a la categoría.

A partir de la temporada 2018-19, el club compite con la denominación de Fútbol Club La Unión Atlético.

Antes el club unionense, en la fase final autonómica había vencido al CF Lorca Deportiva, por 0-1 en la prórroga y empatar a cero en el partido de ida.