Fue fundado en 1940 como sucesor del anterior equipo de la ciudad, el C. D. Logroño, y disputaba sus partidos como local en el Estadio Las Gaunas.Debutó en la edición 1987-88 y se mantuvo durante ocho años consecutivos hasta su descenso en 1994-95, para después regresar fugazmente en 1996-97.[5] Después de varios años en categorías inferiores, en 1978-79 pudo ascender a la nueva Segunda División B y permaneció allí seis campañas.En aquel equipo figuraban dos jugadores que luego desarrollarían una prolífica carrera como entrenadores: José Luis Mendilibar y Miguel Ángel Lotina.[6] En 1988 se nombró presidente al empresario vitivinícola Marcos Eguizábal, responsable de la conversión del Logroñés en una sociedad anónima deportiva en 1992.No obstante, recuperó la máxima categoría al año siguiente como subcampeón bajo las órdenes de Juande Ramos y el destacado papel del delantero Manel Martínez.El equipo hizo una notable inversión económica para mantenerse, con Rubén Sosa como fichaje más destacado, pero los resultados no le acompañaron y volvió a descender en último lugar, sin que Lotina ni Carlos Aimar pudieran remontar la situación desde el banquillo.En su regreso a la Segunda División, la situación económica y deportiva de la entidad empeoró visiblemente por los gastos que se habían afrontado en cursos anteriores.Por un lado, el empresario Félix Revuelta compró la plaza del C. D. Varea para crear una nueva entidad, la Unión Deportiva Logroñés, bajo una estructura profesional.[1] El equipo disputaba sus partidos como local en el Estadio Las Gaunas, con aforo para 16.000 espectadores y césped natural, cuyo propietario es el ayuntamiento de Logroño.
Tato Abadía
, jugador del club en diversas etapas entre 1985 y 1997.