Arnáiz dejó su carrera futbolística para entrenar al C. F. Briviesca, al que cogió en Regional Preferente y consiguió ascender a Tercera División y disputar la Copa del Rey al clasificarlo en 5ª posición (única vez en la historia del club contra el Ávila, 0-2 en Briviesca y 0-0 en la vuelta).
Ya con la denominación de Burgos Club de Fútbol tras la refundación del club burgalés, Arnáiz logró subir al cuadro presidido por Quintano Vadillo de Regional Ordinaria a Segunda B y, ya en la categoría de bronce del fútbol nacional, fue ayudante de Blas Ziarreta, aunque le relevó a cinco jornadas del final para conseguir la permanencia.
La siguiente temporada, Félix Arnáiz se hizo cargo del conjunto burgalés desde el inicio del curso y otra vez le metió en la fase de ascenso a Segunda A, si bien el Murcia fue la escuadra que consiguió el ascenso a la división de plata.
El Pontevedra fue el equipo que le privó del ascenso en esta ocasión.
En 2009 Félix Arnáiz firmó por una temporada con el C. D. Guadalajara, pero fue cesado a una jornada de terminar la liga y con el equipo jugándose entrar en play off de ascenso a Segunda Divión por primera vez en su historia.