Es el decano del fútbol melillense y ostenta el récord de campañas consecutivas en Segunda B, con 33 temporadas.
Posteriormente se vería emparejado contra el Hércules de Cádiz, al que ganaría los 2 partidos (3-1 en Melilla y 1-2 en Cádiz), consiguiendo no solo el ascenso a Tercera División, sino convirtiéndose en el primer equipo de la ciudad en lograrlo.
En la temporada 1944-45 el club debuta en Tercera División con una plantilla formada en su totalidad por futbolistas de la ciudad, acabando en un meritorio 5.º lugar.
En el Grupo X de la categoría, consiguieron quedar en 3.ª posición a solo 4 puntos del líder, clasificándose para la segunda fase.
En la 1949-50 el club consiguió el ansiado ascenso a Segunda, manteniéndose cuatro años en la categoría.
La temporada 98-99 fue la más importante del club en los últimos años, acabando en 1.ª posición en el Grupo IV de la Segunda División B gracias al entrenador Juan Ramón López Caro.
Finalmente acabaría 2.º en el Grupo IV de Segunda División B con 22 victorias, 10 empates y 6 derrotas.
En la temporada 2010-11 el club de la ciudad autónoma conseguía su tercer puesto en la clasificación estando todavía Andrés García Tébar al frente del banquillo azulino.
Asimismo, esta nueva junta directiva ha impulsado un reclamo a lo sociedad melillense para ser socio y abonado del club con los precios más económicos de España.
David Cabello Juanjo Molina Rufino Aroca Pedro Illanes Mohamed Mahanan Paco López * en cursiva jugadores del equipo filial Plantilla en la web oficial