La historia del fútbol[2]​ en la ciudad de Burgos es compleja y desde sus inicios en la segunda década del pasado siglo siempre se ha caracterizado por males endémicos con tono económico que han afectado a todos sus clubs.

Se creó en el año 1923 fruto de la fusión realizada por el Burgos F.C., C.D Castilla y Laserna F.C.

Estos equipos competían únicamente en campeonatos locales y no llegaron a jugar en categorías nacionales.

Previamente, en 1934, surge una nueva Cultural Burgalesa distinta a la de 1930 y que desaparece ese mismo año mientras en 1936 nacerá el Júpiter F.C.

Para esta primera temporada, el club ficha al entrenador Amadeo Labarta quien llegó a ser jugador internacional jugando en la Real Sociedad y la estrella del equipo era el delantero Carro quien llegó a ser pretendido poco después por el Real Madrid.

Se repetiría la historia una vez más ya que la siguiente temporada, la 1956/57, el club desciende de nuevo a la Tercera División al año siguiente de ascender tal y como ocurrió cuatro años atrás.

En la temporada 1959/60, el club consigue el quinto título de Tercera División pero tampoco consigue ascender en la promoción posterior.

La siguiente temporada en Segunda División, la 1973/74, también fue bastante dura para el club y tras varios cambios de entrenador, el equipo consigue salvarse del descenso a la Tercera División al ganar la eliminatoria de promoción al Eibar.

En la temporada 1976/77, el equipo entrenado por Marcel Domingo, acaba en la posición 14º manteniéndose en la Primera División no sin apuros.

En estas dos últimas temporadas del equipo en la élite, cabe destacar jugadores como el centrocampista Miguel Ángel Portugal o el defensa Antonio García Navajas, quienes también ficharon posteriormente por el Real Madrid.

Arsenio Iglesias o Lucien Müller son algunos de los entrenadores más importantes que tuvo el equipo en esta época.

En 1978, José María Quintano Vadillo sustituyó en la presidencia a Antonio Martínez Laredo.

La siguiente temporada 1982/83, ya en Segunda División B, el equipo queda 3º del grupo I pero la situación económica es insostenible.

[3]​ El por aquel entonces equipo filial, el Burgos Promesas, en el que años atrás entrenaba Antonio Solana a jugadores como Del Moral, Llorente, Cipri, el gran extremo Baranda entre otros, acababa de subir a la Tercera División, por lo que se decide desvincularlo del Club y liquidar al primer equipo.

Tiene una capacidad actual de 12.200 espectadores, todos ellos sentados; y se encuentra situado junto a la ribera del Río Arlanzón.

El uniforme titular ha tenido varias modificaciones a lo largo de su historia pero siempre respetando los colores blanco para la camiseta y negro para el pantalón.