Desde 1948 hasta el año 1976 compitió en categorías regionales y en 1977 ascendió por primera vez a Tercera División.

Tras tres años, en 1980 se proclamó campeón de la categoría ascendiendo a Segunda División B.

La alineación del campeón estuvo compuesta por: Iñaki, Manolo, Jonás, Espigulé, Raúl, Carrillo, Patri (Eugenio), Lucendo, Roberto (Molinero), Donosti (J. Martínez) y Leo.

[5]​ Su mejor actuación hasta la fecha en la Copa del Rey llegaría en la temporada 1995/96, alcanzando los dieciseisavos de final tras eliminar al Palamós CF y al Getafe CF, siendo finalmente eliminado por el Celta de Vigo.

La temporada 2007/08 el club, lastrado por las deudas y una crisis institucional, estuvo al borde de la desaparición.

Semanas después, al finalizar la temporada, el equipo logró el campeonato del Grupo 2 de la Primera Catalana, con lo que consiguió su ascenso a la Tercera División y la clasificación para volver a jugar la Copa del Rey 24 años después.

El equipo finalizó la primera fase en tercera posición del subgrupo III-A, por lo que accedió a la fase de Segunda División junto con el Barcelona "B", Ibiza, Gimnàstic de Tarragona, Alcoyano y Villarreal "B".

En el primer partido de eliminación, el Andorra fue eliminado por la Real Sociedad "B",[11]​ sin embargo, el club consiguió una plaza en la nueva Primera División RFEF,[12]​ que se convirtió en el tercer nivel del fútbol español a partir de la temporada 2021-2022.

En su segunda temporada en la Liga Hypermotion, el FC Andorra no consiguió igualar las buenas sensaciones mostradas durante el año anterior.