El Sestao River Club fue escalando divisiones temporada a temporada hasta ascender en la campaña 1998/99 con Iñaki Zurimendi como entrenador a Tercera División, encadenando tres ascensos de manera consecutiva.

En esta categoría, más acorde a las necesidades del club, anduvo estancado durante algunos años, pues siendo la verdadera pretensión y objetivo del club verdinegro subir a Segunda División B, ésta se le resistió en los primeros envites.

En la temporada 2000/01 queda tercero en Liga y ahora sí accede a la Liguilla.

En ella es claro favorito junto al Logroñés CF, pero éste consigue más puntos y asciende.

En la temporada 2002/03 retrocede puestos en la clasificación, quedando imposibilitado para luchar por el ascenso, objetivo que sí alcanza en la siguiente edición 2003/04, con José Carlos Garaizar Dorado como presidente y Carlos Pouso como técnico, cuando queda Campeón por primera vez de Tercera División.

De nuevo en Tercera División, la entidad sestaoarra se propone volver lo antes posible a la categoría perdida, reforzando el equipo en sus partes más débiles.

Este buen trabajo se ve refrendado al obtener el primer puesto y quedar Campeón del grupo vasco, con un fútbol espectacular que le hace llegar a los noventa puntos y perder solo cuatro encuentros.

El conjunto sestaotarra baila al filo de la navaja durante todo el torneo y al final desciende a Tercera División quedándose a tan solo un punto de la permanencia.

Con unos retoques en su plantilla, en la temporada 2010/11 se aúpa al tercer puesto en el grupo vasco entrenados por Carlos Docando consiguiendo entrar en una Promoción donde se impone uno a uno a todos sus rivales, superando a: CD Tenerife B: 0-1 en la ida y 2-0 en Las Llanas; Las Palmas Atlético: 1-0 en casa y derrota por 3-2 en la capital grancanaria; y el CF Montañesa: 2-1 en casa y empate 2-2 en Barcelona, consiguiendo el ascenso de nuevo a Segunda División B.

La edición 11/12 es tranquila y con una plantilla ajustada a la categoría no se pasan excesivos problemas para mantenerse, consiguiendo finalmente la décima plaza.

En el verano de 2012, Alberto Lozano Ibarra "Martxi", quien fuera alcalde de Sestao desde 2003 hasta 2007, asume la presidencia del Sestao River y trae consigo a José Luis Ribera como entrenador.

En la Copa del Rey, competición que disputó gracias a la Liga de Segunda B conquistada en la temporada anterior, fue eliminado por la SD Leioa en Primera Ronda tras perder 1-0 en Sarriena.

[5]​ Dado que el Sestao Sport se fundó en 1916, y pese a que el Sestao River lo hizo en 1996 refundándolo, la temporada 2015/16 se caracteriza por las celebraciones del centenario del club sestaoarra.

[6]​ Le sustituye provisionalmente su ayudante y preparador físico, Jesús Pinedo, hasta que el club anuncia la incorporación de Jon González, hasta entonces entrenador del Retuerto Sport, para formar tándem con él.

[16]​ El 7 de septiembre, en Segunda ronda, se enfrenta al CD Guijuelo como visitante, cayendo por 1-0 y viendo así truncados sus sueños coperos.

[17]​ En Liga, y tras un mal comienzo con tan solo 9 puntos en 14 jornadas fruto de una victoria y seis empates, la directiva verdinegra decide destituir a Jon González como entrenador del Sestao River,[18]​ sustituyéndole Pablo Turrillas, hasta ese momento entrenador del Lagun Onak de Tercera División.

Alfonso del Barrio Félix Sarriugarte Jon González Pablo Turrillas Ibon Etxebarrieta Igor Oca Nota: En negrita competiciones activas.

Durante las semanas de preparación de los partidos, el Sestao River suele entrenar allí, donde también lo hacen todos los equipos del fútbol base del club y juegan como local en sus respectivas categorías.

Aitor Calle Hernández Adrián Golvano Diago Raúl Mosteiro Galán Sergio Fernández Nolla José Manuel Gil Rodríguez Urtzi Miguélez Vallejo Begoña Vecilla Coca ATS Fernando Sancristóbal Valbuena Plantilla en la web oficial

En Sestao hay un equipocon afición y solera,donde salen jugadoresy estos todos de primera.

Enlace para descargar legalmente el himno del Sestao River Club [1] "(versión Los Whitos)"