Los dieciocho equipos campeones de los grupos de Tercera División 2015/16 (en caso de que un equipo filial sea campeón de su grupo la plaza se adjudica al equipo no filial mejor clasificado exceptuando si el primer equipo de dicho filial jugara en Segunda División B y no se clasificara para la copa del rey en cuyo caso iría el primer equipo).

Clasificación: los eliminados en esta ronda se clasifican para la Copa Federación.

Formato del sorteo: Los equipos de Segunda División se enfrentan entre ellos.Equipo local: El equipo cuya bola fuera extraída primero.Formato de las eliminatorias: a un partido.

Disputaron la primera ronda del torneo los 42 equipos de Segunda División B y Tercera División, de los cuales seis fueron exentos.

Los equipos de Segunda deben, obligatoriamente, enfrentarse entre sí.

[3]​[5]​ Club exento: Córdoba C. F. Disputarán la tercera ronda del torneo los veintidós vencedores de la segunda ronda y los exentos de la misma.

En esta ronda, todos los equipos de Primera División entran en la competición.El sorteo de los 16 emparejamientos fue de la siguiente manera: los seis equipos restantes que participan en Segunda División B y Tercera División se enfrentarán a los equipos que se clasificaron para las competiciones europeas, esto es: cuatro equipos de (Segunda B y Tercera) se enfrentarán a cuatro equipos de Champions y los dos equipos restantes se sortearán en la misma forma con los equipos de Europa League.

Los ocho equipos restantes de la Liga se enfrentarán entre sí.