De nuevo Santa Fe le tendió la mano en los momentos difíciles, y lo anunció como refuerzo para el año 2012.

De ahora en adelante Daniel Torres fue titular indiscutible del equipo albirrojo siendo uno de los jugadores más destacados durante el primer semestre que terminó con la conquista del Torneo Apertura, y acabando así 36 años y medio sin títulos de liga para Independiente Santa Fe.

Cabe destacar que Torres fue uno de los jugadores más destacados en ese semestre, y que ese nivel lo mantendría durante el resto del año.

El 2015, Independiente Santa Fe gana su segunda Superliga de Colombia, y tiene una destacada participación en la Copa Libertadores; donde llegaría hasta los cuartos de final, y en donde Torres demostró estar a un gran nivel.

Tras varios años defendiendo la camiseta cardenal, Daniel Alejandro deja Santa Fe, y es confirmado como nuevo jugador del Independiente Medellín.

[3]​ Debutó el 2 de febrero en la victoria por 1-3 como visitantes contra Córdoba CF, siendo titular.

Con el equipo manchego jugó el play-off de ascenso a Primera División.