[21][18] Tras derrotar al sátrapa local en la batalla del Gránico, la resistencia persa organizada desaparece en Asia Menor, exceptuando algunos focos aislados como Mileto o Halicarnaso.[22][20] Cuando Alejandro se encontraba en Tarso (Cilicia), le llegaron noticias de que Darío preparaba un gran ejército en Babilonia.[11] Alejandro se hallaba así en una situación estratégica muy precaria ya que había sido sorprendido por un enemigo mucho más numeroso, su posible ruta de retirada había sido cortada y a su retaguardia tenía a la ciudad de Fenicia que era potencialmente hostil y no se había sometido a la autoridad de Alejandro.[6] La caballería de Alejandro tenía 2100 hetairoi, 2100 tesalios, 600 prodromoi, 760 griegos y 300 peonios.[3][1] También había 13000 soldados de infantería ligera (peltastas, arqueros, honderos): compuestos por 6000 tracios, 5000 griegos, 1000 ilirios y 1000 cretenses.[2][33] Durante la batalla anterior entre el ejército aqueménida y el ejército griego, Darío no puso mucha atención a las formaciones iniciales ni en estrategias complicadas, confiando más en el peso de su superioridad numérica para aplastar a los griegos; sin embargo, tras la derrota sufrida entonces Darío cambio su mentalidad y decidió dedicar más tiempo al desarrollo de sus estrategias y sus dispociones iniciales.[33][2][20] Tras esto, sus soldados durmieron unas cuantas horas y despertaron al alba del día siguiente cuando Alejandro fue al punto más elevado y realizó un sacrificio en honor de los dioses griegos.[2] La infantería macedonia del centro atacó el centro de los persas casi al mismo tiempo que la caballería persa inició su carga, pero su avance se vio amortiguado cuando tuvieron que cruzar el río y avanzar bajo el fuego de los arcos persas;[11] adicionalmente, cuando por fin llegaron a las líneas persas, la infantería macedonia enfrentó dura resistencia sobre todo de parte de los mercenarios griegos al servicio persa y sufrió muchas bajas de al menos 120 oficiales,[39] incluyendo a Ptolomeo, el hijo del general macedonio Seleuco.[2] Después de esto, los hipaspistas, dirigidos por Alejandro en persona, atacaron a los cardacios persas y lograron perforar la línea persa; este ataque funcionó demasiado bien y el flanco macedonio derecho atacó, abandonando su posición original, mientras el centro pasaba a la defensiva, lo cual abrió momentáneamente una brecha en la línea de combate macedónica que pudo haber sido atacada por Darío.[20][16][19] En este punto, Alejandro vio a Darío y su guardia imperial y se lanzó directamente contra ellos mientras parte de los acompañantes recorrían todo el campo de batalla para ayudar a la caballería persa que aún se encontraba trenzada en combate con la caballería tesalia macedonia.Esto a su vez hizo que la caballería y la poca infantería persas sobrevivientes también huyeran.[2] Darío huyó tan rápido que arrancó su túnica imperial para que no pudiera ser reconocido,[2] dejó atrás gran parte su tesoro[16] y dejó atrás a toda su familia (incluyendo todos sus hijos, madre y esposa).[5][16] La batalla de Issos fue una victoria decisiva para los macedonios y marcó el comienzo del fin para el poder persa, que perdería para siempre todas sus provincias de Asia Menor y su acceso al Mediterráneo.[12][9] La batalla fue también la primera vez que el ejército persa era derrotado con el rey Darío III y la primera vez que un ejército persa comandado por su rey era derrotado.[16][15] Sin embargo, la mayoría de los 10,000 mercenarios griegos al servicio persa lograron escapar y formarían el núcleo de otro ejército persa que regresaría para combatir a los macedonios una vez más en Gaugamela.
