Mientras tanto, el emperador aqueménida Darío III se encontraba en la capital provincial de Ecbatana tratando de organizar un nuevo ejército para reemplazar los que fueron destruidos en Gaugamela e Issos y confrontar a Alejandro.

[2]​ El valle con el sendero, que era llamado como las Puertas Persas en la antigüedad pero que hoy es llamado actualmente Tang'e Meyran, es muy ancho al principio y se va estrechando progresivamente hasta su punto medio como ya se mencionó anteriormente donde alcanza un ancho de unos dos metros y en este punto el sendero se dobla en una curva hacia el sureste.

Ariobarzanes ocupó una posición muy fuerte cerca de donde se encuentra actualmente una aldea llamada Cheshmeh Chenar y emplazo a sus soldados en las cimas de las montañas y acantilados, arriba del valle que cruzarían los macedonios.

[3]​ Sin embargo, historiadores modernos han considerado estas cifras como muy improbables, quizás infladas en favor de los persas para que la victoria macedonia ante un enemigo más numeroso sea más impresionante;[15]​ en lugar de estas cifras se ha estimado que los persas contaban con entre 700 y 2000 hombres.

Los macedonios empezaron a sufrir fuertes bajas y pelotones enteros estaban siendo destruidos de golpe;[17]​ al mismo tiempo, los persas no perdieron ni un solo hombre en este primer ataque.

[4]​[24]​ Al anochecer, Alejandro primero dejó un campamento a la entrada de la Puerta Persa a cargo de Crátero a quien le ordenó prender tantas antorchas y fogatas como le fuera posible para que los persas creyeran que todo el ejército se encontraba en el campamento,[22]​[25]​ después retrocedió 18,5 kilómetros hasta llegar al sendero identificado por el pastor[26]​ y avanzó por el mismo junto con un pequeño grupo de sus mejores soldados ligeramente armados con quienes llegó a la retaguardia persa poco antes del alba,[22]​ después de lo cual el grupo dirigido por Alejandro sonó una trompeta a manera de señal predeterminada y rodeo a los persas y los atacó simultáneamente en tres direcciones:[22]​ al sonar la señal Alejandro atacó a los persas por detrás mientras Crátero salió del campamento atacándolos por enfrente al tiempo que Ptolomeo los atacaba por un costado.

[35]​[36]​ Tras esta victoria Alejandro pudo ocupar Persépolis y avanzar hacia el corazón mismo del Imperio persa.

[43]​ Tras esto, la ciudad misma fue destruida y quemada durante una celebración donde Alejandro se había embriagado con sus hombres,[44]​ la idea habiendo provenido de una cortesana ateniense y amante del general macedonio Ptolomeo que los acompañaba cuyo nombre era Tais.