Compitieron 342 clubes en Tercera División, repartidos en 17 grupos, en la mayoría de los cuales participaban 20 equipos.
Cada grupo correspondía a una Federación territorial y, por lo tanto, a una Comunidad Autónoma, excepto en el caso de Andalucía que se dividía en dos grupos (IX y X), a los que se sumaban los clubes de las ciudades autónomas de Ceuta y Melilla, en el norte de África, y al grupo XV en el que participaban los conjuntos de las comunidades de La Rioja y Navarra.
Los equipos de cada grupo se enfrentaron todos contra todos en dos ocasiones, una en campo propio y otra en campo contrario.
El ganador de un partido obtenía tres puntos, el perdedor no sumaba unidades, y en caso de un empate había un punto para cada equipo.
Al término de la temporada el equipo que acumulaba más puntos se proclamaba campeón de su grupo de Tercera División habiendo, por lo tanto, 17 campeones en esta temporada.
Los cuatro primeros equipos de cada grupo tenían derecho a participar en la fase de ascenso a Segunda División B.
Por sorteo, se formaron 17 grupos de 4 equipos, con la condición que en cada uno de ellos no hubiese equipos del mismo grupo original y haya un primero, un segundo, un tercero y un cuarto.
Los ganadores de estas eliminatorias obtuvieron el ascenso a Segunda División B.
En la mayoría de los grupos, los últimos tres equipos clasificados descendieron a divisiones regionales correspondientes.
Sin embargo, si una categoría viese disminuido el número de equipos por un número inesperado de ascensos a Segunda División B, la Federación Territorial podía autorizar la revocación de los descensos a División Regionales, o bien el ascenso de nuevos equipos desde esas categorías a la Tercera División.
Referente a los equipos filiales, estos podían participar en esta categoría siempre que sus primeros equipos estuvieran compitiendo en categorías superiores de Liga española de fútbol puesto que no podían competir en la misma división.
Por ello, si un equipo descendiese de Segunda División B a Tercera División y su filial estuviese militando en esta categoría, este era automáticamente descendido a su División Regional correspondiente.
Del mismo modo, si un filial se hubiese clasificado para la promoción de ascenso a Segunda División B y uno de sus primeros equipos ya estuviese participando en esta categoría, no podría disputarla, por lo que su plaza pasaría al siguiente clasificado del grupo.
Deportivo de La Coruña "B" • Feiraco S.D.
• C. Rápido de Bouzas • Sporting Guardés • Verín C.F.
Gijón Industrial • C. Hispano de Castrillón • U.P. Langreo • C.D.
Llanes • C. Marino de Luanco • C.D.
San Martín • C. Siero • R. Sporting de Gijón "B" • R. Titánico • A.D.
Textil Escudo • C. D. Tropezón • Velarde C.F.
Pasajes[9] • C. Portugalete • Sestao River C. • Universidad del País Vasco-E.H.U.
Onda • Ontinyent C. F. • Pego C. F. • Santa Pola C. F. • Torrellano C. F. • Valencia C. F. "C" • Villarreal C. F. "B" • R. Aranjuez C.F.
Las Rozas • C. D. Leganés "B" • Real Madrid C. F. "C" • C.D.
Puerta Bonita • Rayo Vallecano M. "B" • C.D.
Santa Ana • C. Tornado Tres Cantos • A.D.
Comarca de Níjar • Granada C.F.
Villa de Santa Brígida
[30] • Universidad Católica San Antonio de Murcia • C.P.
Cerro de Reyes A.
Santa Amalia • Sporting Villanueva P. • S.P.
Los equipos participantes de la promoción de ascenso a Segunda División B de la temporada 2003-04 fueron los 4 primeros clasificados de cada grupo, los cuales se exponen en la siguiente tabla: Se indican en negrita los equipos que consiguieron el ascenso.