El equipo participaba en Primera Andaluza desde que descendió de Tercera División en la temporada 2010/11.
En 1980 el Baza participó por primera vez en la Tercera División española.
En 2001 el CD Baza vuelve a Tercera División, ahora con más éxito.
En su primera temporada, el club se mantiene en la categoría de bronce tras jugar los play-out.
Un año más tarde, el CD Baza desciende de nuevo a Tercera División.