[2]​ Después de pasar once años consecutivos en Tercera el equipo lagunero descendió en 1995 a Regionales, jugando por primera vez en Preferente.

Tras cinco años en el pozo el representativo de la Ciudad del Adelantado retorna a categoría nacional al acabar primero en la 1999/00.

[4]​ En la siguiente campaña repite clasificación final en liga pero nuevamente no es capaz de pasar la primera eliminatoria que, en esta ocasión, le enfrentaba al Raqui San Isidro.

[7]​[8]​ De nuevo con una economía más ajustada el Laguna pasó a luchar por la permanencia en la siguiente temporada logrando un decimotercer puesto.

[10]​ Los equipos de categoría Juvenil, Cadete, Infantil, Alevín, Benjamín, Prebenjamin y Escuelita disputan sus partidos en casa en el Anexo al Francisco Peraza.

[12]​ En 2015 las féminas conquistan la "Copa Francisco Javier Felip" tras superar en la final al Club Deportivo Charco del Pino por cero goles a dos.