También tuvo un equipo sénior amateur, disuelto en 2008, que militó en categoría nacional de la liga española durante tres temporadas.

Albert Valentín, secretario técnico de la Unió Esportiva Figueres —por entonces constituida como Sociedad Anónima Deportiva— convenció a los consejeros para crear una entidad con personalidad jurídica propia que gestionase el fútbol base del club, sin depender de los resultados deportivos o los posibles conflictos económicos del primer equipo profesional.

Tras lograr cuatro ascensos en cinco años, en 2003 accedió a Tercera División,[3]​ donde permaneció tres temporadas consecutivas.

Esta situación provocó la intervención del alcalde de la ciudad, Santi Vila, para mediar una colaboración entre ambas entidades.

[6]​ En 2010 la Fundació trasladó su actividad a las instalaciones de Vilatenim, más modernas, compartidas con la Unió.