En el año 1993 se inscribe la Unión Deportiva Mutilvera en el registro de asociaciones deportivas para la práctica del fútbol, tenis y pelota.
Compite durante las seis primeras temporadas en la división más baja, la Primera Regional de Navarra y, tras ascender en 1999, tiene que disputar solo un par de campañas en Regional Preferente para conseguir el premio del ascenso a Tercera División.
Desde entonces la Mutilvera es uno de los equipos fuertes del grupo XV; consigue tres subcampeonatos (2004-05, 2007-08 y 2012-13) y la clasificación para la promoción de ascenso a Segunda División B en 11 temporadas.
En la temporada 2015/16, tras ser cuarto clasificado en el grupo XV de Tercera División, logra ascender a Segunda División B después de eliminar en el play off a RS Gimnástica, Zamora CF y UB Conquense por lo que en la temporada 2016/17 jugó por primera vez en su historia en la división de bronce del fútbol español, quedando al finalizar la campaña a solo dos puntos de mantener la categoría.
En la temporada 2017-18 consiguió ser por primera vez campeón de Tercera División,[1][2][3] repitiendo clasificación para la promoción de ascenso en la siguiente campaña.