Así los equipos navarros presentes en Tercera pasaron de pertenecer al Grupo II que lo formaban equipos vascos, navarros, riojanos, aragoneses, cántabros y algunos castellano-leoneses; al Grupo IV que compartían con La Rioja, Aragón y la provincia de Soria.
Los filiales y sus respectivos primeros equipos no pueden competir en la misma categoría; por ello, si un equipo desciende a Segunda División RFEF y su filial queda primero o gana los playoff de ascenso a esta categoría, deberá quedarse obligatoriamente en Tercera División RFEF.
Del mismo modo, un filial que se haya clasificado para la fase de ascenso a Segunda División RFEF no puede disputarla si el primer equipo milita en dicha categoría.
La Tercera Federación 2022-23 fue disputada por los siguientes equipos: • C. D. Alesves • C. D. Ardoi • C. D. Avance Ezcabarte • C. D. Azkoyen • C. D. Beti Onak • U. C. D. Burladés • C. D. Cantolagua • C. D. Cortes • C. D. F. Itaroa Huarte • S. D. Lagunak • C. D. Oberena • C. D. Pamplona • Peña Sport F. C. • C. D. Subiza Cendea de Galar • U. D. C. Txantrea • C. D. Valle de Egüés
La Tercera Federación 2023-24 fue disputada por los siguientes equipos: • C. D. Alesves • C. D. Ardoi • Atl. Cirbonero • C. D. Avance Ezcabarte • Beti Kozkor K. E.
• C. D. Beti Onak • F. C. Bidezarra • U. C. D. Burladés • C. D. Cantolagua • C. D. Cortes • C. D. F. Itaroa Huarte • S. D. Lagunak • C. D. Lerinés • C. D. Oberena • Peña Sport F. C. • C. D. Pamplona • C. D. Subiza Cendea de Galar • U. D. C. Txantrea La Tercera Federación 2024-25 es disputada por los siguientes equipos: C. D. Ardoi • Atlético Artajonés • Atlético Cirbonero • Beti Kozkor K. E.