Su organización corre a cargo de la Federación Navarra de Fútbol desde que fue creada en la temporada 2015-16.

Hay tres ascensos y cuatro descensos.

Los dos primeros clasificados ascienden a Tercera Federación mientras que el tercer ascenso sale del ganador de un playoff, a ida y vuelta, entre el tercer y cuarto clasificados.

Descienden a Preferente los cuatro últimos clasificados.

Nota: indicados en negrita los clubes que continúan en activo.