El histórico equipo femenino disputa actualmente la liga navarra Autonomica, tras descender anteriormente de la élite al fútbol regional.

En 1990 se creó el equipo femenino, que desde sus inicios ha sido la sección más importante del club.

El equipo ha exportado siempre muchas jugadoras a los grandes clubes nacionales y algunas de ellas han sido internacionales con la selección española, como la portera Paula Kasares o Lydia Muruzábal a principios de los noventa y Marta Moreno, María Goñi, Erika Vázquez o Ainhoa Tirapu más recientemente, entre otras.

La temporada 2012-2013 es conocida por el esfuerzo titánico de la plantilla, con dificultades incluso por mantener el equipo entre problemas económicos e internos.

Con una plantilla muy corta e inexperta, sin entrenador en pretemporada, lucharon como pudieron, pero no consiguieron evitar el descenso.