El origen tuvo lugar en Barañáin en 1988, cuando en torno a Tino del Barrio se creó un equipo de fútbol sala femenino que participó con grandes resultados en diferentes torneos de Navarra.
Tino del Barrio se puso en contacto con el donostiarra Iñaki Artola (antiguo entrenador del Oyarzun femenino), que estaba afincado en Pamplona y ya había intentado años atrás sin éxito impulsar una liga femenina navarra.
Lagunak lo proporcionaba), luego conformar una especie de selección navarra y después inscribirse en la Federación Guipuzcoana.
Aquel primer equipo se configuró con las mejores jugadoras jóvenes de la región junto con algunas buenas futbolistas navarras que ya habían jugado a las órdenes de Artola en Oiartzun en una etapa anterior.
Jugadoras destacadas de aquellos años fueron Paula Kasares, Popy, Marisol Sánchez, Tegui, Maider, Tita, Lydia Muruzábal, Txusmi Martikorena o María Etxamendi.
Huarte, San Juan, Mutilvera, Corellano y Lagunak B protagonizaron aquella histórica primera Liga Regional Navarra.
En las filas del Lagunak han militado varias jugadoras que han sido internacionales con la Selección española: tras Paula Kasares y Lydia Muruzábal en la década de los noventa, recientemente han vestido la "roja" Mª Paz Azagra, Miriam Erkizia, Marta Moreno, Erika Vázquez, Carol Miranda, Nuria Zufía, María Goñi, Ainhoa Tirapu, Marta Ozkoidi, Uxue Astiz y María Sántxez (Mariatxi).