Estuvo organizada por la Federación Riojana de Fútbol.

El Racing Rioja C. F. fue el último campeón del Grupo XVI de la extinta Tercera División.

Su origen está relacionado con la reorganización de la Tercera División por comunidades autónomas.

Fue en la temporada 1986-87 cuando hubo una gran reestructuración de la categoría creándose un único grupo, conocido como Grupo XV, para los equipos de Navarra y La Rioja junto con el C. D. Mirandés, perteneciente entonces a la recién creada Federación Riojana de Fútbol.

[2]​ Es en la temporada 2006-07 cuando los subgrupos se dividen definitivamente, quedando el Grupo XV exclusivamente para los conjuntos navarros y pasando a ser conocido como Grupo XVI el destinado a los equipos de la Federación Riojana de Fútbol.