Varea, que participó hasta la temporada 1985-86 en la competiciones regionales de la Federación Navarra de Fútbol pasando en 1986 a la recién creada Federación Riojana de Fútbol siendo inscrito en la Primera Regional, ascendiendo a Regional Preferente dos temporadas después.

Entre los años 1997 y 2003 el C. D. Varea jugó en la Preferente riojana, logrando regresar a la Tercera División tras superar la promoción de ascenso en la temporada 2002-03.

[1]​ Días más tarde el equipo fue vendido al empresario Félix Revuelta y los socios del club aprobaron el cambio de nombre a U. D.

[2]​ En agosto de 2009 se fundó el actual Club Deportivo Varea y empezó a competir en Regional Preferente, consiguiendo el ascenso a la Tercera División.

El Varea creó un equipo filial, el C. D. Varea "B" en la temporada 2019-20 en Regional Preferente, pero tras la pandemia de Covid-19 no tuvo continuidad en el siguiente año, hasta que en la temporada 2022-23, volvió a inscribir un nuevo equipo con el mismo nombre.