Su primera época de esplendor fue durante los años 30, en los que descató su actuación en los campeonatos regionales.

Pero sin duda la etapa más destacada del club ocurrió en la década de los noventa.

Tras descender de Segunda B y volver al año siguiente a esta categoría en dos ocasiones, en la segunda ocasión (temporada 1999/00) comenzó su consolidación en la categoría de bronce del fútbol español y disputándola durante seis años seguidos.

En la siguiente fase el rival fue Las Palmas a la que venció 1-0 con gol del delantero Melgarejo, consiguiendo así, clasificarse para los octavos de final, donde quedó eliminado por otro equipo de Segunda B, el U.E.

En la temporada 2013/2014, tras quedar eliminado en la primera ronda de la Copa del Rey, ante el Algeciras C. F. (2-1), el Novelda C.F.

Ya en Cuartos de final, eliminó al Yeclano Deportivo y en semifinales cayó derrotado por el C.D.

Dada la mala situación económica que atraviesa el club verdiblanco, decidieron fusionarse con Intercity de San Juan.

debido a esto, el Novelda CF retornó e incluso fue inscrito en el grupo sexto de la tercera división.