Entre 1961 y 1966 no hubo equipo de fútbol federado en Cintruénigo.
Consigue ser 3.º en 2009/10 lo que le permite la clasificación para la promoción de ascenso a Segunda División B.
El mayor éxito del club sucede en la temporada 2015/16 cuando logra el subcampeonato del grupo XV de Tercera División por detrás de Osasuna B y clasificándose para la Promoción de ascenso a Segunda División B aunque cae el primera ronda frente al CD Cayón.
Logra el 3.º puesto en Tercera y se clasifica para la Promoción de ascenso a Segunda División B, eliminando en primera ronda al CD Guadalajara y cae en segunda ronda eliminado por el CD Vitoria.
Luego tenemos jugadores que son historia como marco morera,Juan morerea y Ismael hasnoui