El Vitoria vivió sus años dorados entre las temporadas 1955-56 y 1962-63, al disputar 6 temporadas en Tercera División, llegando a disputar un play-off de ascenso a 2.ª División y coincidiendo con el principal equipo de la ciudad, el Deportivo Alavés, dando lugar a choques de gran rivalidad.

[2]​ Además, en esa época contaba con gran cantidad de secciones, tales como: atletismo, gimnasia, balonmano o baloncesto... y un filial, el C.D.

Tras la pérdida de la categoría y no sería hasta la temporada 2006-2007 cuando se volvió a la Tercera División, donde solo pudo permanecer un año al terminar como colista del grupo.

En la temporada 2010-11, el Vitoria se convierte en el único equipo que no pierde un solo partido en todas las categorías del fútbol nacional[3]​ y consigue un nuevo ascenso a Tercera División.

Torpedo-ZuriBeltz (Regional Preferente de Álava),[13]​ siendo su entrenador el exjugador del club Sergio Santano.

Sin embargo, en julio de 2024 la S. D. Eibar anunció el rompimiento del acuerdo de filiación entre ambos equipos, por lo que la plaza en la cuarta categoría del balompié español será asumida por un nuevo filial armero, mientras que el C. D. Vitoria continuará su andadura como un equipo independiente enfocado en el fútbol formativo y aficionado de ámbito provincial.