Hasta el año 2006 se mantuvo ininterrumpidamente en Tercera División, cuando la crisis deportiva del primer equipo, descendido una temporada antes a Segunda División B afectó al equipo filial.Una travesía que duraría nueve temporadas en categoría Preferente e incluso una temporada en categoría aficionados, que acabaría en 2016 con el ascenso a Tercera División.Tras cuatro intentos fallidos, en mayo de 2021 consiguió el ascenso a la recién creada Segunda División RFEF con Carlos Martínez Fernández, con una primera fase en la que acabó como líder y único invicto en las categorías nacionales de España.El ascenso llegó en la victoria como local frente al Rayo Vallecano "B".El filial pepinero juega en la Instalación Deportiva Butarque, con capacidad para unos 1750 espectadores.
Partido entre el CD Leganés "B" y el Villanovense en la ID Butarque, 2023.
