Compiten 341 clubes en Tercera división, repartidos en 17 grupos, en la mayoría de los cuales participan 20 equipos.
Cada grupo corresponde a una Federación territorial y, por lo tanto, a una Comunidad Autónoma, excepto en el caso de Andalucía, que se divide en dos grupos (IX y X), y las comunidades de La Rioja y Navarra que comparten grupo (el XV).
Los clubes de las ciudades autónomas de Ceuta y Melilla, en el norte de África, participan con los de Andalucía, los primeros en el X y los segundos en el IX.
La distribución geográfica de los grupos es la siguiente:
Celta de Vigo "B" • C.C.D.
Endesa As Pontes[2] • Gondomar C.F.
• Racing C. Villalbés • C. Rápido de Bouzas • Sporting Pontenova • Verín C.F.
Covadonga • Deportiva Piloñesa • U.P. Langreo • C.D.
Llanes • C. Marino de Luanco • C.D.
Cayón • Cultural D. Guarnizo • U.M.
Revilla • Ribamontán al Mar C.F.
Aurrera de Vitoria "B" • C.D.
Lemona • Real Sociedad F. "B" • Real Unión C. de Irún "B"[8] • S.D.
San Pedro • Sestao River C. • Sodupe U.C.
Vilassar de Mar • Vilobí C.F.
Vall de Uxó • Vinaròs C.F.
Rayo Majadahonda • Rayo Vallecano M. "B" • Real Madrid C. F. "C" • C.D.
Benavente • Cultural D. Leonesa "B" • S.D.
Las Navas • Norma San Leonardo C.F.
Palencia • Racing Lermeño C.F.
Recreativo de Huelva "B"[26] • A.D.
Alayor[28] • Atlético de Ciudadela C.F.
Raqui San Isidro • U.D.
"B"[36] • C. Olímpico de Totana • Orihuela C.F.
[38] • Universidad Católica San Antonio de Murcia • Yeclano C.F.
Cerro de Reyes A.
Casetas • C. D. Ebro • S. D. Ejea • C. Endesa Andorra[43] • C.F.
Guadalajara • Hellín Deportivo • Manzanares C.F.
Socuéllamos[45] • Sporting Cabanillas F.C.
Los equipos participantes de la promoción de ascenso a Segunda División B de la temporada 2000-01 fueron los 4 primeros clasificados de cada grupo, los cuales se exponen en la siguiente tabla: Se indican en negrita los equipos que consiguieron el ascenso.