Los mayores logros del club son el haber disputado seis temporadas en la Tercera División de España, en los años en los que el equipo militó era el cuarto nivel del sistema de ligas de fútbol español.

[2]​ Durante la temporada 2019-20, la interrupción de la competición se produjo estando el Valdesoto en puestos de ascenso, por lo que logró su quinto ascenso a Tercera División tras haber descendido dos años antes.

En el primero disputa sus encuentros oficiales el primer equipo, mientras que en el segundo lo utilizan las categorías inferiores.

Entre los años 1998 y 2005, el club contó con su propia Escuela de fútbol.

Hasta su desaparición, estas categorías incluían a equipos federados de infantil, benjamín, alevín, juvenil, cadete y fútbol 7.