Fue fundado en 1999 y desapareció cuando su presidente, Enrique Pina, vendió todas las acciones del club a un empresario dueño del Granada 74, que trasladó el domicilio social del club a la ciudad de Granada y le cambió el nombre por el de Granada 74 CF (equipo que también desapareció en 2009).

Además el equipo cambió de entrenador en varias ocasiones, se marchó Paco Pliego y llegó Andrés García Tébar.

Se invirtió en fichajes como los de Imanol Idiákez, del Burgos, Juan Carlos Cordero, Quillo y Loinaz, cedidos por el Cartagonova.

Terminó la temporada con 99 puntos en su casillero, cifra que fue récord en su momento, aunque ese año el grupo constaba de 22 equipos.

En lo deportivo, el equipo estuvo siempre en la parte media alta de la tabla.

Javi López arranca la temporada, pero es reemplazado por Crispi y este a su vez por Carlos Orúe.

El primero de estos encuentros se disputó en Castalia, quedando empatados a cero.

Fernando Zambrano dirigió al equipo en el tramo final de Liga.

La permanencia matemática se logró en el último partido frente al Algeciras, ya descendido.

En el mercado de invierno se renovó casi por completo la plantilla esperando obtener algunos buenos resultados.

El entrenador fue Abel Resino, antiguo portero del Atlético de Madrid.

Empezó muy fuerte, ganando 3 partidos consecutivos y colocándose como el equipo más joven en llegar a ser líder de Segunda División.

Por cuarta temporada consecutiva, el Ciudad de Murcia jugaba en Segunda División.

Tras la gran campaña del año anterior el objetivo es, como mínimo, repetir la experiencia.

Sin embargo el Ayuntamiento de Murcia no ayuda al club a construir las infraestructuras necesarias (campo propio y ciudad deportiva) y así el equipo no podrá subsistir.

[2]​ Además se ficharon a varios jugadores habían militado en el CF Ciudad de Murcia y su filial, como Pepe Aguilar.

Sin embargo, nuevamente los problemas económicos llevaron a la desaparición del Atlético Ciudad en agosto de 2010.

En 2007 se anunció que el estadio sería derrumbado, para construir un centro deportivo cubierto y al aire libre.

Fue fundado en el año 2002 y surgió con la idea de suministrar jugadores para la primera plantilla del club.