Aunque estaba asentado en Murcia, nunca pudo jugar en esa ciudad y tuvo que disputar sus partidos en Lorquí, Alcantarilla y Totana, e incluso jugó un partido de Copa del Rey en Cartagena.En 2008 pasó a ser Club de Fútbol Atlético Ciudad, denominación que mantuvo hasta su disolución en 2010 por problemas económicos.Así, este equipo fundado en 2003 y que militaba en Tercera División se convertía en el Club Atlético Ciudad de Lorquí, adoptando colores y distintivos del extinto Ciudad de Murcia.[1] Además se ficharon a varios jugadores que militaban en el Ciudad de Murcia B y a Pepe Aguilar, que había jugado con el Ciudad de Murcia en Segunda División.En la temporada 2007-08 consiguió quedarse como único invicto de categoría nacional del fútbol español hasta la jornada 36.La primera temporada en Segunda División B estuvo marcada por los problemas económicos y con el estadio.[3] Varias semanas después el acuerdo con Ceutí se rompió sin haber disputado un partido allí y se anunció que el Estadio Juan Cayuela de Totana sería la sede hasta final de temporada.Se pretendió iniciar la conversión del club en Sociedad Anónima Deportiva y así poder cambiar el nombre a CA Ciudad de Murcia; también se anunció la intención de construir una ciudad deportiva para el equipo en Murcia.El 4 de agosto se anunció la vuelta del equipo a Lorquí, donde disputaría la temporada 2009/10.[8] Sin embargo, Pérez García fue destituido y ante la imposibilidad de contratar un nuevo técnico, el preparador físico Chema Escudero se hizo cargo del equipo, que terminó la liga en séptima posición.
Alineación de la temporada 2009-10, la última de su historia.
