Compitieron 344 clubes en Tercera división repartidos en 17 grupos, en la mayoría de los cuales participaron 20 equipos.
Cada uno correspondía a una Federación territorial y, por lo tanto, a una Comunidad Autónoma, con la excepción del Grupo XV que abarca a 2, La Rioja y Navarra, y de los Grupos IX y X que corresponden a una sola comunidad Andalucía; las ciudades autónomas de Ceuta y Melilla compitieron junto a los de la Federación Andaluza de Fútbol, el primero en el grupo décimo y el segundo en el grupo noveno.
La distribución geográfica de los grupos fue la siguiente:
Mosteiro • Porriño Industrial F.C.
Gijón Industrial • C. Hispano de Castrillón • C.D.
San Martín • Santiago de Aller C.F.
Universidad de Oviedo[6]
Comillas • Cultural D. Guarnizo • U.M.
España de Cueto • C.D.
Noja • R. Racing C. de Santander "B" • S.D.
Revilla • Ribamontán al Mar C.F.
• D. Alavés "B" • Aloña Mendi K.E.
Aurrera de Ondarroa • Balmaseda F.C.
• C. Atlètic Roda de Barà • U.E.
Vilassar de Mar • Vilobí C.F.
Español de San Vicente R.[12] • Gimnástico C.F.
San Sebastián de los Reyes • D.A.V.
Béjar Industrial • Burgos C.F.
Ponferradina • Racing Lermeño C.F.
• Arenas de Armilla C.yD.
Granada 74 • Juventud de Torremolinos C.F.
Mármol Macael • Martos C.D.
San Isidro de Níjar • Úbeda C.F.
• Cádiz C. F. "B" • C. Ceutí Atlético • Chiclana C.F.
San Roque de Lepe • C.D.
Utrera • Viña Verde Montilla C.D.
Andrach[24] • Atlético de Ciudadela C.F.
"B"[31] • C. Olímpico de Totana • Pinatar C.F.
Casetas • C. D. Ebro • S. D. Ejea • C. Endesa Andorra[38] • A.D.
Los equipos participantes de la promoción de ascenso a Segunda División B de la temporada 1996-97 fueron los 4 primeros clasificados de cada grupo, los cuales se exponen en la siguiente tabla: Se indican en negrita los equipos que consiguieron el ascenso.