Formado en las divisiones inferiores de Boca Juniors, se desempeñaba como mediocampista, y tuvo dos etapas en el club azul y oro (1998-2003, 2005-2013) donde sumó 17 títulos a nivel nacional e internacional, que lo convirtieron en el jugador más laureado en la historia del club xeneize.
En el Torneo Apertura de ese mismo año solo jugó 3 partidos.
El 2000 fue un buen año para Sebastián ya que consiguió jugar muchos partidos.
Alternando con Gustavo Barros Schelotto, Marchant y el Pepe Basualdo.
Comenzó el año convirtiendo su primer gol a River Plate en un amistoso de verano en el cual un equipo conformado por juveniles (a excepción del arquero Roberto Abbondanzieri) venció por 2-1.
Tras este partido, Ramón Díaz, el entrenador del clásico rival, renunciaría a su cargo.
Para el 2001 no estuvo inscrito en la primera lista de la Copa Libertadores por su lesión.
No disputó la final de la Copa Intercontinental contra el Bayern Múnich de Alemania por una nueva lesión que lo tuvo a mal traer toda la segunda mitad del año.
En la Copa Libertadores comenzó siendo suplente pero luego terminó siendo titular jugando 10 partidos.
En el Torneo Apertura disputó 18 partidos y convirtió 3 goles, uno de ellos a River Plate, siendo su primer gol en un Superclásico, que sirvió para la victoria 2-0 en el estadio de River.
Boca no priorizó la Copa Sudamericana, aunque jugó los 2 partidos que el equipo disputó en dicho torneo.
En su primera etapa en Boca jugó un total de 149 partidos y convirtió 11 goles, consiguiendo 9 títulos.
[5] En el club de Castellón tuvo como compañeros a Juan Román Riquelme, Rodolfo Arruabarrena, Diego Cagna, Luciano Figueroa y Fabricio Coloccini, quienes jugaron también en Boca, además de otros compatriotas como Juan Pablo Sorín y Gonzalo Javier Rodríguez.
Seba nunca pudo afianzarse en el equipo, en la temporada 2003/04 jugó 15 partidos.
En la Recopa Sudamericana fue importante al meterle 1 gol a Once Caldas de Colombia para la victoria 3-1.
En el verano le embocó otro gol a River dándole la victoria al conjunto de la Ribera por 2-0.
El 2009 fue un año malo para Boca ya que no consiguió títulos.
En la Copa Libertadores jugó los 8 partidos pero quedó eliminado en 8.º de final por Defensor Sporting.
Battaglia intentó por todos los medios médicos mejorar la situación de su lesión y así continuar jugando.
Pero pese a incluso tratarse clínicamente en Europa nunca pudo mejorar la situación, que se tornó irreversible.
Almagro tendría que jugar el Reducido y acabó eliminado en cuartos al perder 2-0 con Agropecuario.
En julio de 2021 reemplazo a Miguel Ángel Russo durante el aislamiento de gran parte del plantel profesional tras la derrota con Atlético Mineiro y dirigiendo así los partidos ante Banfield y San Lorenzo.
El primer partido lo empató 0 a 0 tras un excelente partido de la reserva de Boca, que había jugado al día anterior, versus un Banfield dominado y anulado completamente.
En Villarreal al llegar a mitad de la temporada 2003-2004 le dieron la número 21.
Sin embargo, para disputar la Recopa 2005 solo se permitía anotar a 20 jugadores.
[17] En dicho acto concurrió la familia de Sebastián, el jefe de Gobierno local, Mauricio Macri, y el exdirector técnico del club xeneize Carlos Bianchi.