Con Colón fue subcampeón del Torneo Clausura 1997, ganó la Liguilla Pre Libertadores de 1997 y clasificó a la Copa Conmebol 1997, el primer torneo internacional oficial que disputó el club santafesino.
Arribó a Boca Juniors en el año 1998, tras las partidas de Nelson Vivas y Nolberto Solano al fútbol europeo, coincidiendo con la llegada del entrenador Carlos Bianchi al club.
Fue durante muchos años un símbolo del club, ganándose el puesto rápidamente y convirtiéndose en una pieza clave e inamovible de una defensa que fue destacada por su solidez en la marca, pero también por las proyecciones ofensivas que hacían sus laterales.
Ibarra convirtió un gol en las semifinales frente al Chelsea FC, pero su equipo perdió la final a manos de su ex-club, el Porto, dirigido por el exitoso y reconocido entrenador José Mourinho.
El título más importante en este ciclo fue la Copa Libertadores 2007, con Miguel Ángel Russo como DT.
[2] No obstante, dos días después, el 24 de julio, el mánager boquense, Carlos Bianchi, afirmó que el defensor se quedaría un año más con el club Xeneize.
[3] Pese a que continuó un año más en el club, durante la temporada 2009/2010, no mostró un gran nivel y sufrió algunas lesiones, razones que lo llevaron a ser relegado al banquillo de suplentes por Abel Alves, por entonces entrenador del club de la Ribera.
La renuncia de Alves como entrenador y la designación de Roberto Pompei como interino le abrieron una nueva oportunidad, y terminaría jugando como titular el Torneo Clausura 2010, aunque sin mostrar su mejor nivel.