Se produjeron también dos descensos por el sistema de promedios a la Primera B Nacional, y se determinaron además a los dos equipos que disputaron la promoción.

Cada fase del campeonato fue un torneo independiente, llamados respectivamente Apertura y Clausura.

Argentina tuvo 7 cupos en la Copa Sudamericana 2006: Boca Juniors, como campeón de la edición 2005, River Plate, como invitado de la Conmebol, y los 5 equipos mejor ubicados en esta tabla.

El cupo restante, que clasificó a la primera fase, fue para el cuarto mejor ubicado de esta tabla.

Al finalizar este torneo, Tiro Federal e Instituto descendieron directamente a la Primera B Nacional, mientras que Olimpo cayó en la promoción y también perdió la categoría.