Mostró una gran personalidad, actitud para luchar en el medio campo y claridad para distribuir la pelota con corrección.

Comenzó la nueva temporada jugando como titular, pero en la victoria 2-0 contra Olimpo de Bahía Blanca correspondiente a la octava fecha del Torneo Apertura 2007, sufrió un esguince en el tobillo derecho, que lo dejó fuera del equipo por 3 partidos.

[16]​ Dadas las buenas actuaciones en su equipo, atrajo el interés de varios clubes europeos, como FC Barcelona, Real Madrid y AC Milan.

[17]​ En aquel campeonato Boca quedó relegado luego de perder con Tigre, club que peleó con Lanús por el torneo.

En media temporada con el Valencia, Banega llegó a jugar 12 partidos, de los cuales 7 fueron como titular y 5 entrando como suplente.

[29]​ Aguirre lo confirmó en la lista de jugadores que se enfrentaron al PSV.

[30]​ Con el Atlético disputó, por primera vez, la Liga de Campeones, haciendo su debut en la victoria por 3-0 contra los holandeses.

[36]​ En el campeonato local, su equipo acabó en el cuarto puesto, a 20 puntos del FC Barcelona que se proclamó campeón y terminó jugando 24 partidos (5 como titular y 19 entrando como suplente).

[37]​ En su paso por el Atlético, Banega terminó jugando 35 partidos y marcando 1 gol.

[39]​ El Atlético no usó la opción de compra, por lo que Banega regresó a las filas del Valencia.

[46]​ A pesar de ello, semanas después, fue convocado para el seleccionado argentino comandado por Diego Armando Maradona y declaró: Pasó todo muy rápido.

[50]​ Con su equipo logró el tercer puesto en el campeonato local y la clasificación a la Liga de Campeones de la UEFA 2010-11 Su primer partido en la temporada 2010-11 fue en Liga, en la victoria por 3-1 frente al Málaga CF.

En aquel encuentro chocó con Pape Diop y se produjo un esguince de grado dos en el tobillo izquierdo con rotura del ligamento peroneo-astragalino anterior, por lo que estuvo sin jugar por un mes.

[51]​ Se recuperó de su lesión para el partido que su equipo jugó frente al FC Barcelona.

[52]​ En diciembre de 2010 volvió a recibir un golpe en el tobillo izquierdo que hizo que se perdiera los encuentros frente a la Real Sociedad y al Villarreal CF.

[62]​ El director deportivo sevillista, Monchi, y el técnico Unai Emery, que ya dirigió al jugador tres temporadas en Valencia, fueron los principales valedores de su contratación puesto que el club sevillista, reciente campeón de la UEFA Europa League, necesitaba un mediocentro creador tras la venta de Ivan Rakitić al FC Barcelona.

El 27 de mayo de 2015 el Sevilla FC ganaba su cuarta UEFA Europa League ganando en la final 3-2 al Dnipro Dnipropetrovsk, partido en que Banega fue elegido MVP, en la temporada siguiente, el Sevilla consiguió ganar su quinta UEFA Europa League, en la cual, Banega también participó.

[64]​[65]​ Debutó el 21 de agosto en la derrota 2 a 0 en su visita al Chievo Verona.

Su primer gol lo marca el 10 de octubre en la derrota 2 por 1 en su visita al clásico frente al AS Roma, vuelve y marca el 21 de diciembre en la goleada 3 a 0 a la Lazio.

Su última hazaña en este club fue ganar la UEFA Europa League 2019/20, sexta del Sevilla en un triunfo 3-2 contra el Inter en Colonia.