[2]​ Surgió futbolísticamente en Newell's Old Boys de Rosario, allí disputó 90 partidos entre los años 2000 y 2004.

Luego pasó al Real Zaragoza donde jugó desde 2004 hasta 2006 logrando dos títulos: la Copa del Rey y la Supercopa de España.

En su segundo ciclo jugó desde 2008 hasta 2011 y logró el ascenso a la Primera División en la temporada 2008-09.

[4]​ Ponzio surgió de las divisiones inferiores del Club Atlético Williams Kemmis y luego continuó en Newell's.

Marcaría su primer gol en el Torneo Apertura 2001 por la sexta fecha frente a San Lorenzo en lo que fue victoria por 3-1.

En ese torneo se convertiría en una de las figuras destacadas del equipo, teniendo grandes actuaciones y siento titular indiscutido.

Ponzio llegaría al Real Zaragoza para disputar la Primera División de España 2003-04 y en sus primeros partidos se convirtió en una de las figuras del conjunto español, marcando goles importantes y ganándose el puesto.

En esa misma temporada lograría la Copa del Rey de fútbol 2003-04 venciendo en la final a nada más y nada menos que al Real Madrid y dejando en el camino en los cuartos de final al Barcelona.

notaría su segundo gol en la decimosexta fecha de ese mismo torneo en la victoria 3-0 frente a Gimnasia y Esgrima La Plata.

Ese torneo River terminaría último en lo que sería la peor campaña de su historia y Ponzio dejaría el club para retornar a España, más precisamente para volver al Real Zaragoza que se encontraba en segunda división.

Finalmente Ponzio llegó con lo justo al superclásico pero fue sustituido a los 11 minutos del segundo tiempo por Ezequiel Cirigliano.

En el siguiente partido frente All Boys Ponzio ni siquiera fue al banco de suplentes debido a que no estaba totalmente recuperado de su lesión, sumado a que el técnico tenÍa preferencia por Cristian Ledesma y Ponzio no era titular indiscutido como si lo era en meses anteriores.

El plantel viajó a Salta para realizar la pretemporada y allí disputó varios partidos amistosos.

Las malas noticias llegarían otra vez para Ponzio, ya que en un partido frente a Juventud Antoniana de Salta recibió una falta la cual le causó una lesión en el tobillo y generaba dudas para el inicio del torneo.

Por la tercera fecha frente a Godoy Cruz jugó como lateral por derecha, posición en que se desempeñó en sus inicios como futbolista en Newell's Old Boys.

Se mantuvo así hasta el final del torneo alternando entre ser titular y suplente.

Ese torneo River terminaría casi último y Ponzio empezaría a ser resistido por el hincha riverplatense.

River tuvo un gran verano al vencer en los dos siguientes choques frente a Boca Juniors y Ponzio parecía recuprar el nivel.

River se terminaría consagrando campeón del Torneo Final luego de seis años.

La oportunidad no tardó en llegar y fue titular en un amistoso frente a Millonarios jugando como volante central.

Sin embargo River tenía primero un compromiso importante, la Recopa Sudamericana frente a San Lorenzo.

Siguió siendo titular aunque alternaba muchas veces siendo suplente debido a la doble competencia del equipo.

El partido de ida fue en el Monumental y Ponzio fue titular haciendo dupla en el mediocampo junto a Matías Kranevitter, tuvo un gran partido siendo considerado una de las figuras, jugando otra vez un superclásico de forma excepcional pero tuvo que salir sustituido a los 73 minutos del partido por Camilo Mayada debido a una lesión.

Para el segundo semestre River se reforzaría para afrontar la segunda parte del Campeonato 2015, disputar las semifinales de la Copa Libertadores y defender la Copa Sudamericana pero el gran objetivo del equipo era la Libertadores.

Volvió a ser titular para la vuelta; River se consagraría campeón de la Copa Libertadores 2015 luego de 19 años y además se clasificó para jugar el Mundial de Clubes 2015, Ponzio entraba en la historia grande del club, sumaba su quinto título en el club y seguía cosechando logros en el Millonario.

A la semana siguiente fue titular para el partido frente a San Martín de San Juan; antes del inicio, Ponzio y Marcelo Barovero salieron al estadio con las dos últimas copas obtenidas, Leo con la Suruga Bank y Trapito con la Libertadores.

El partido fue derrota 0-1 aunque fue toda una anécdota en medio de los festejos del club por los grandes logros obtenidos.

A raíz de esto, era parte del equipo titular para el torneo local, en su mayoría suplentes debido al recambio por doble competición.

A principio de temporada, River se consagró campeón la Recopa Sudamericana 2016 frente a Independiente Santa Fe de Colombia en lo que sería la segunda Recopa del club;[12]​ por su parte, Ponzio sumaba su octavo título en el club y seguía haciendo historia.

[20]​ En lo personal, Ponzio sumó su noveno título en el club y seguía metiéndose en la historia grande.