[5] En el siguiente semestre, el primer plantel de Boca Juniors se abocó al torneo Apertura 2000, logrando campeonar.
En 2001, Pinto logró mayor continuidad en el primer equipo, disputando en simultáneo varios partidos por el torneo Clausura 2001 y la Copa Libertadores 2001, en la cual Boca Juniors logró el bicampeonato al vencer al Cruz Azul de México.
En el siguiente semestre, el Chavo Pinto apenas jugó tres partidos del Apertura 2002, luego del cual la dirigencia negoció su préstamo al Shandong de China, al cual partió a fin de año.
[7][8] Pinto decidió retornar muy rápidamente a la Argentina en febrero de 2003, y su vuelta al club xeneize coincidió con la lesión de Raúl Cascini, volante central titular en aquel momento, ante lo cual el Chavo logró una buena continuidad tanto en el torneo Clausura 2003 como en la Copa Libertadores 2003, en la cual si bien no disputó la final contra el Santos, fue parte del plantel campeón.
Para el Apertura 2007, regresó a Olimpo de Bahía Blanca, donde volvió siguió desempeñándose como jugador titular.