En el siglo I d. C. fue construida una calzada que unía las ciudades de Caesaraugusta y Benhearnum (nombrada en el medievo como Vía Tolosana, principal vía de peregrinación a Santiago) aunque cartagineses y celtas ya lo conocían y utilizaban para cruzar los Pirineos al ser el paso natural menos abrupto y practicable en todas las estaciones del año.
Posteriormente, hay evidencia de que esta fue la vía utilizada por los pueblos bárbaros de los vándalos, alanos y suevos, así como por visigodos más tarde para entrar en la península ibérica durante la caída del Imperio romano de Occidente, a comienzos del siglo V (se conserva en Oloron-Sainte-Marie un miliario romano encontrado a finales del siglo XIX en la vertiente francesa del Somport).
Los castillos de Candanchú y Canfranc constituyeron durante la Edad Media la línea defensiva principal en la ruta que unía Francia con Aragón por el Somport.
[3] Finalmente el general Louis Gabriel Suchet franquea el puerto a finales de 1808, seguido por el coronel Léonard Morin quien refleja en sus Memorias del 5º Regimiento (1812-13) la peligrosidad del puerto y la dura resistencia de la población de Canfranc.
El ejército napoleónico usará este puerto de nuevo para regresar a Francia tras ser derrotados en la Ciudadela de Jaca por el general Francisco Espoz y Mina en 1814.
Tras la guerra civil española, el paso fue empleado por muchos huidos del régimen franquista, con el inicio de la 2°Guerra Mundial y la invasión alemana a Francia el tráfico se revirtió, llegando a España gran cantidad de judíos, intelectuales y opositores perseguidos por la Alemania nazi, ya sea en tren o a pie, la Guardia Civil tenía la orden de entregar a la Gestapo de Canfranc o del puesto fronterizo de Somport a todo sospechoso que se encontrarán vagando por los montes.
En él estuvieron presos Leon Blum, Édouard Daladier, Paul Reynaud, Georges Mandel y Maurice Gamelin bajo la Francia de Vichy.
Ya en el siglo XX se creó la denominada línea P («P» de Pirineos), conjunto defensivo construido entre los años 1944 y 1959 a lo largo de la vertiente pirenaica española.
El puerto de Somport fue sin duda la ruta más popular para los peregrinos de Santiago de Compostela desde el siglo X hasta que el en siglo XIII se consigue pacificar las zonas controladas por bandidos vascones que hicieron el menos abrupto paso de Roncesvalles una vía más segura y unos 100 km más corta.
Santiago de Compostela queda aproximadamente a 870 km del puerto.
Así mismo, la Via Tolosana o Camino de Arlés procedente de Francia pasa a denominarse Camino Aragonés al atravesar el puerto.