Durante los seis años que duró lo que sería su primer gobierno, Castilla organizó al país y realizó muchas obras en todos los campos, con el respaldo de las rentas producidas por la riqueza guanera, cuyas entradas a partir de 1849 representó un rubro preponderante en las arcas fiscales.

Denunció la Expedición Floreana organizada desde Europa por Juan José Flores para establecer una monarquía en Sudamérica encabezada por un príncipe borbón, denuncia que contribuyó a su desmantelamiento.

Pero no recibió respuesta, y más bien, desde Huancayo, avanzaron sobre Lima las fuerzas vivanquistas comandadas por José Rufino Echenique.

Por su parte, Castilla declaró en receso a la Suprema Junta que había presidido durante la revolución, entregó sus tropas y se alejó del mando.

Castilla hizo un gobierno fuerte y enérgico, sustentado en su condición de caudillo popular, pero respetando los demás poderes del Estado.

Impuso el orden en un país recién salido de la anarquía y la guerra civil, aunque sin llegar a la arbitrariedad.

En el Ministerio de Gobierno, Instrucción Pública y Beneficencia: José Gregorio Paz Soldán, Juan Manuel del Mar.

Ya en las postrimerías del gobierno de Castilla, tendría un incidente con el candidato oficialista José Rufino Echenique, por lo que pasaría nuevamente a prisión.

[26]​ En las elecciones para miembros del Consejo de Estado en 1847, perdieron los candidatos presentados por el gobierno que estaban encabezados por San Román.

[40]​ Otra promesa a favor del indígena había sido la abolición total de la mita o trabajo forzado en las minas y obrajes, lo cual se llegó a cumplir y significó un gran alivio para esa población, específicamente del sur peruano, que empezó a crecer demográficamente, luego de que en todo el periodo colonial había ido en caída continua, debido justamente al abuso y maltrato deplorable que implicó ese trabajo obligatorio.

[44]​ Finalmente, otro acontecimiento que tuvo repercusiones negativas en la economía peruana, ya desde el ámbito internacional, fue la fiebre del oro ocurrida en California y Australia.

Esta propiedad se conocía ya desde la época prehispánica, y fue redescubierta en 1827 por el sabio arequipeño Mariano Eduardo de Rivero quien publicó un interesante informe científico al respecto.

Este sistema consistía en que el Estado mantenía la propiedad fiscal del guano pero encargaba a unos empresarios (los consignatarios) todo su proceso de extracción, transporte y venta.

[43]​ Castilla puso mucha dedicación a la defensa nacional, vista la difícil situación geopolítica del Perú, que limitaba entonces con cuatro países (ahora son cinco), siempre agresivos y ansiosos de arrebatarles territorios.

[60]​[61]​ Castilla fue un estadista consciente de la importancia que era desarrollar una política naval para darle al Perú la superioridad en el Pacífico.

En ella se determinaba en qué casos el gobierno peruano debía o no admitir reclamaciones diplomáticas de otros países.

El canciller peruano José Gregorio Paz Soldán envió una circular al resto de países americanos e instó a la unidad continental ante la amenaza floreana.

Su fin sería, a la letra, sentar las bases de una futura tranquilidad y seguridad para los países del subcontinente.

En ese entonces no se llegó a concretar ello, pero en 1843 los restos fueron enviados al Perú por pedido de la señora Francisca Otoya, que residía en Piura.

El gobierno ecuatoriano reclamó también los restos, aduciendo que debían estar en su patria, Ecuador, por ser La Mar natural de Cuenca.

Como Obando protestase, Castilla le respondió: «Puede ser que los tribunales de su Patria no lo hayan condenado, pero Ud.

Cualquier ciudadano podía crear planteles de enseñanza, pero debía someterse a las disposiciones del Reglamento para que fuera validado oficialmente.

[117]​ En 1849, Bartolomé Herrera y Pedro Gálvez fueron elegidos diputados al Congreso, por lo que llevaron a la tribuna parlamentaria las discusiones ideológicas realizadas hasta entonces desde la cátedra.

Quedó establecido que dichas entidades debían estar regidas en cada capital por juntas de cinco miembros, subordinadas al poder político.

[129]​ En lo que respecta a las obras públicas y al adelanto material, bajo el gobierno de Castilla se alcanzó un progreso notable.

Su sede quedó fijada en el terreno donde hasta hoy se mantiene: la manzana rodeada por los actuales jirones Huallaga, Andahuaylas, Ucayali y Ayacucho.

Se construyeron iglesias, hospitales, colegios, mercados, aduanas, cuarteles, prefecturas, así como caminos de herradura y puentes que pusieron en contacto a muchos pueblos del interior.

Así quedó arruinado este primer intento de crear una industria nacional y no faltó quien ha creído que hubo toda una conspiración para favorecer al capitalismo inglés con ese desenlace.

Al parecer, todo este revuelo preocupó a Castilla, que acarició entonces la idea de prorrogarse en el mando, buscando alguna salida legal para ello.

Llegaron a la capital hombres "de acción" que ocasionaron reyertas sangrientas para ganar los colegios parroquiales; hubo hasta 40 muertos, entre ellos el general Coloma, así como numerosos heridos.