En 1941 desposó a Laura Budge Nosiglia, con quien tuvo cinco hijos.

Juan Miguel Bákula fue un diplomático que dedicó los 50 años de su carrera profesional a estudiar y compenetrarse con el tema de las fronteras del Perú.

El embajador Bákula manifestó en un discurso que "Lo esencial es la formación del espacio nacional, o sea, la manera como se expresa el esfuerzo del país por ocupar su territorio.

[5]​ También recibió la Medalla José de la Riva-Agüero y Osma por la Pontificia Universidad Católica del Perú.

Todas estas distinciones constituyen los reconocimientos más importantes al trabajo intelectual en el Perú.