En 1839, durante el segundo gobierno del presidente Agustín Gamarra, ya existían en Lima numerosos establecimientos educativos estatales y particulares destinados a carreras como abogados, sacerdotes o médicos, por lo que se hacía necesario un colegio preparatorio o elemental.
[3] Sin embargo, siguió manteniendo su prestigio y calidad educativa durante la segunda mitad del siglo XIX.
En agosto de 1881, el local del colegio fue tomado por los chilenos, que lo convirtieron temporalmente en cuartel.
En 1882, asumió su dirección Cesáreo Chacaltana; sin embargo, poco después tuvo que partir al destierro.
Su sucesor, Manuel Marcos Salazar, también debió abandonar Lima en 1883, perseguido por las autoridades de ocupación.
[6] En 1884 el director Pedro A. Labarthe efectuó intensas gestiones para la refacción del colegio, obra que debería ejecutar a fin de evitar su total deterioro.
El año escolar de 1884 se completó y en 1885 la penuria económica se palió en parte, pues el Congreso adjudicó al colegio las rentas de la hacienda Santa Beatriz, gracias a las gestiones del diputado Francisco M. Fernández, que desde entonces fue conocido como el “Benefactor”.
El conflicto motivado entre Lorente y un grupo de profesores reformistas dio lugar al retiro del primero.
Fue durante las primeras décadas que el colegio Guadalupe volvió a abandonar la formación universitaria (y es que en el colegio se enseñaban los primeros años de estudios generales universitarios) asumiendo la formación escolar hasta los dieciséis años.
Así el colegio Guadalupe tenía varios anexos, distribuidos en diversas partes de la ciudad.
A mediados de los años 1950 (durante el gobierno del general Manuel A. Odría) estos anexos se convirtieron en grandes unidades escolares (como la GUE Alfonso Ugarte o GUE Mariano Melgar).
El nuevo sistema educativo demandaba grandes áreas para las que el colegio Guadalupe no estaba preparado.
El estadio Guadalupano, no corrió con la misma suerte, ya que se emplazó a no más de un kilómetro de lo que debió ser la ciudad escolar Guadalupana, ubicada en la avenida Angélica Gamarra, entre la Panamericana Norte y el Aeropuerto Internacional Jorge Chávez.
Se dirigieron hacia la Embajada estadounidense, para expresar su rechazo a una ley que atentaba contra la soberanía de las doscientas millas, como rezaba un volante en tal ocasión.
Cuenta en el interior de sus instalaciones, con la capilla, el gimnasio (con una losa poliderportiva), cuatro patios cada uno con aulas alrededor, un patio central a cuyo derredor se ubican la biblioteca, la sala de cómputo, las oficinas administrativas.
Cada uno de estos espacios cuenta con una segunda planta que alguna vez fue destinada a internado.
En sus aulas se brinda educación secundaria a más de mil cuatrocientos alumnos.
Además, cuenta con una piscina y tres losas polideportivas, camerinos, entre otros servicios Es la institución oficial de los egresados del colegio Guadalupe, la cual congrega e interactúa con sus asociados a nivel nacional e internacional a través de sus filiales establecidas.
Se rentó provisionalmente una oficina, como sede, ubicada en el edificio Hidalgo 138 de la plaza San Martín.
La asociación de exalumnos tiene su sede principal en la avenida Alfonso Ugarte en Lima, a sólo dos cuadras del colegio Guadalupe.
El colegio ha ejercido en la vida doctrinaria, intelectual y política del Perú una importante función.