Su actual sede, situada en el distrito de San Isidro, fue inaugurada en 1952 como Gran Unidad Escolar y remodelada en el 2010.

Comenzó a funcionar como anexo del Instituto Pedagógico de Varones, dirigido por el educador y escritor Augusto Aguirre Morales.

En 1935 fue el primer plantel escolar del Perú que tuvo una sección nocturna.

Instaurado el gobierno del general Manuel A. Odría en los años 1950, se dispuso que todo el área que ocupaba el colegio, así como zonas aledañas, se habilitara para la construcción de una moderna sede del Ministerio de Educación.

El traslado se realizó en 1952, y el colegio pasó a ocupar un edificio que fue denominado en forma exclusiva como Gran Unidad Escolar Agustín Gutiérrez.

Así permaneció hasta 1954, cuando por ley del Congreso (a petición del senador Ricardo León Velarde) se decidió que recuperara su antiguo nombre, constituyéndose entonces en la Gran Unidad Escolar Alfonso Ugarte.

[2]​ Fue así que el antiguo Colegio Nacional Alfonso Ugarte se constituyó en una Gran Unidad Escolar (G. U.