También abogó por el buen trato que se debía dar a las poblaciones indígenas y a los esclavos negros, denunciando los abusos que estos sufrían en las minas, plantaciones y obrajes.
Denunció a los corregidores y otras autoridades que fomentaban esas injusticias, enviando informes al rey.
También disciplinó a los religiosos y doctrineros que cometían abusos contra los indígenas.
En Lima fundó monasterios y el hospital de San Bartolomé para negros libertos.
[2] Iniciado su obispado, dispuso que con más agilidad se continuara la reedificación de la catedral de acuerdo a la disposición canónica, aspecto este que se había descuidado mucho.
Gran parte de dicha obra se culminó en 1636, siendo muy alabada su fábrica por los expertos.
A lo largo de esa visita se esforzó por extirpar las idolatrías y constató una vez más los abusos contra los indios.
Su edad y la falta de fuerza física no le daban ya para ejercer esa tarea como quería.
[9] A raíz del memorial que Juan de Padilla elevó en 1657 al rey denunciando los abusos y maltratos contra los indígenas (tanto en lo material como en lo espiritual), Villagómez insistió en la catequización de los indios y en el buen trato que se les debía dar.
[8] Elevó incluso una petición al rey en 1661, denunciando los abusos contra los indígenas y el despojo de sus tierras comunales.
[9] Favoreció diversas obras, como por ejemplo: En su tiempo se fundó también el monasterio del Carmen.
El virrey, apoyado por la Audiencia, le obligó a levantar la excomunión.
[9] Ya anciano y sin fuerzas para afrontar la exorbitante labor pastoral, Villagómez solicitó que se le adscribiera un obispo auxiliar.
Se le asignaron sucesivamente cuatro obispos auxiliares, pero ninguno de ellos llegó a asumir dicho cargo.
[8] En dicho monasterio se hallaba también su retrato de pontifical con esta inscripción: "Hijas haced oración por quien os dió el corazón.
Se le ve alto, delgado, rostro grave, miope (usaba lentes).