Fue el único arzobispo criollo que ocupó la silla episcopal limeña durante la época colonial.

Penetró en lugares muy remotos venciendo duras jornadas, pasando por peligros graves en caminos escabrosos, y arrostrando privaciones de todo género.

En 1625 celebró el primer Concilio provincial de Santa Fe.

Se dedicó también a adelantar varias obras, como la fábrica de una capilla que levantó para su entierro creando para ella una capellanía.

Sin embargo, como ya hubiese convocado a un concilio provincial, verificó la reunión de este en 1629 y autorizó sus funciones hasta que ellas terminaron.

En este concilio logró hacer reformas en beneficio de los indios.

Ordenado todos los asuntos de la sede altiplánica, preparó su viaje a Lima.

[2]​ Efectuó una minuciosa visita en su jurisdicción, que le tomó cinco años en completarla.

Contienen trece títulos con varios capítulos, y al principio de ellas está inserta la doctrina cristiana en quechua y en español (1636) y proveyó a la dación de nuevas reglas que asegurasen el orden de la vida religiosa.

Decía que eran sus hermanos y sus compatriotas; y muchas veces se firmó en su país: “Fernando, indio, obispo de Santa Fe”» (Manuel de Mendiburu).